Pour Nils Holgersson, 13 ans, la ferme familiale dans laquelle il vit ne présente que peu d'amusements. Le jeune garçon passe son temps à embêter les animaux. Il y a aussi Asa, une jolie adolescente avec qui il aimerait passer plus de temps. Un jour, un elfe apparaît et, en guise de punition, fait rétrécir Nils qui arrive désormais à communiquer avec les animaux. Ce petit garnement devient ami avec certains d'entre eux et va, malgré lui, être entraîné dans une extraordinaire aventure qui le changera définitivement.