Après être passés par Exillium, l'école réservée aux bannis, Sophie et ses amis sont de retour à l'académie Foxfire. Les nouveaux membres du Cygne noir sont cependant en danger et les Invisibles multiplient les attaques contre les Cités perdues. Sophie et sa troupe tentent d'en savoir davantage sur le plan de l'ennemi, le projet Polaris.