Nagasaki 1920. Cho-Cho, 15 ans, se retrouve orpheline. Pour subvenir à ses besoins son oncle décide de vendre les charmes de la jeune fille. Naïve, cette dernière tombe amoureuse de son premier client, Pinkerton, un jeune marin américain. Quand celui-ci reprend le large, Cho-Cho ignore qu'il ne reviendra sans doute pas.