De retour d'Afrique, où leur dernière aventure les avait menés, Alex et ses fidèles amis Marty, Gloria et Melman aspirent désormais à rentrer chez eux, à New York, et à retrouver le cadre familier du zoo de Central Park. Autant dire qu'ils sont prêts à tout pour y parvenir ! Alors que King Julian, Maurice et les Pingouins se joignent à eux, leur nouvelle expédition rocambolesque les conduit en Europe où ils trouvent la couverture idéale : un cirque ambulant dont ils deviennent les héros façon Madagascar bien sûr !