Une dame, qui tient la barre d'un voilier, devise avec son petit-fils et lui raconte les secrets de la mer. Ruka, une jeune fille, rencontre Umi, un garçon doté de dons aquatiques surnaturels qui disparaît dans les eaux du port de Tokyo. Elle le retrouve quelques jours plus tard dans un aquarium géant où travaille son père, un océanographe. Mais Umi n'est plus seul.