Espagne, 1532. Esteban, 12 ans, apprend qu'un mystérieux marin espagnol du nom de Mendoza lui a sauvé la vie en mer alors qu'il était bébé. L'homme en tient pour preuve une partie de l'énigmatique pendentif que porte l'enfant. A la mort de son tuteur, Esteban décide de suivre Mendoza à la recherche des légendaires Cités d'or et s'embarque alors pour le Nouveau Monde, sur la trace de ses origines et de son père. Au cours de ce voyage, il fait la connaissance de deux autres enfants : Zia, une jeune Inca et Tao, le dernier descendant d'une civilisation extrêmement évoluée : le peuple de Mu. Chacun a un but différent. Esteban souhaite retrouver son père et son identité. Zia cherche également son père, tandis que Tao espère découvrir l'héritage de son peuple.