Depuis le blocus de la planète Naboo, la République, gouvernée par le chancelier Palpatine, connaît une véritable crise. Un groupe de dissidents, mené par le comte Dooku, manifeste son mécontentement envers le fonctionnement du régime. Certains sénateurs demandent à ce que la République soit dotée d'une solide armée pour empêcher que la situation ne se détériore davantage. Parallèlement, Padmé Amidala est menacée par les séparatistes et échappe de justesse à un attentat. Anakin Skywalker est chargé de sa protection. Son maître, Obi-Wan Kenobi, part enquêter sur cette tentative de meurtre et découvre la constitution d'une mystérieuse armée de clones...