Muto Yugi manie les forces des ténèbres depuis le jour où il a reçu de son grand-père un puzzle millénaire. Au moment où son pouvoir lui a été dévoilé, il a fait la connaissance de son double, Jono-Uchi. Kaiba, l'éternel rival de Yugi, organise un tournoi nommé battle city. Jono-Uchi meurt dans les dernières épreuves et sa mort affecte Yugi qui perd sa motivation.