L'Agence Lovecraft s'apprête à livrer l'ultime combat pour sauver l'humanité tandis que l'équipage du Nautilus souffre d'un mal inconnu qui brûle les personnes contaminées. Marie, qui a accepté sa nature de shoggoth, est en mesure d'y faire face mais elle doit pour cela renoncer à son amour pour Ryan.