Twilight, le plus grand espion du monde, a pour mission de s'introduire dans une prestigieuse école de l'aristocratie. Pour y parvenir, il crée une famille de toutes pièces avec une petite fille télépathe et une tueuse à gages se faisant passer pour une jeune femme timide. Ce trio instable découvre peu à peu les valeurs d'une famille unie. Quatre histoires adaptées des mangas Spy x Family.